卵巢巧克力囊肿虽然为良性病变，但它却具有类似于恶性肿瘤的增生、浸润、转移的能力，在治疗上主要有药物治疗及手术治疗，具体的治疗方案要根据患者的年龄、生育要求、病情等情况来决定。药物治疗的主要目的是抑制卵巢功能，阻止子宫内膜异位症的进展，以减少子宫内膜异位症病灶的活性及减少粘连。而对于较大的卵巢子宫内膜异位囊肿，单纯依靠药物治疗无效时，则会选择手术治疗。
手术治疗一般可分为保守性手术、半根治手术及根治性手术。对于痛经严重又接近绝经无生育要求的女性，可以考虑子宫全切，或切除一侧或双侧卵巢，以达到一劳永逸的效果，而对于年轻或需要保留生育功能的患者，则可考虑保守治疗，目前，腹腔镜手术是诊治子宫内膜异位症的首选方法，它通过剔除卵巢子宫内膜异位囊肿，清除病灶，分离粘连，以改善盆腔内环境，保留患者的生育能力。由于卵巢巧克力囊肿的复发率较高，一定要重视手术后续的药物治疗，现在比较常用避孕药或促性腺激素释放激素激动剂抑制内分泌功能。
